ההיסטוריה של מכנסי היוגה קשורה קשר הדוק לחותלות. במאה ה-14, חותלות נלבשו לראשונה על ידי גברים סקוטים, עשויות עור או דואר שרשרת, ושימשו גם כלבוש רגיל וגם לבוש צבאי. בתקופת הרנסנס, הם התפתחו לנעלי החותלות המודרניות שאנו מכירים היום.
במאה ה-19, נשים החלו ללבוש חותלות, אך הן נותרו אופנת גברים בעיקרה. האבולוציה המודרנית האמיתית של חותלות התרחשה בשנת 1950 כאשר אודרי הפבורן לבשה מכנסי קפרי שחורים עם מותניים- גבוהים בסרט הקלאסי *סברינה*, מה שעורר את הפופולריות שלהם. עם זאת, החותלות המוקדמות הללו היו חסרות גמישות והן שונות באופן משמעותי ממכנסי יוגה מודרניים.
בשנת 1958, הכימאי האמריקאי ג'וזף שיפרס המציא את הספנדקס. עם המצאה זו, בגדי נשים החלו להשתמש בבד הזה, ומכנסיים אלסטיים מותאמים קודמו בארצות הברית. בתחילת שנות ה-80, עם הפופולריות של סרטוני אירובי, סגנון לבוש זה הפך למראה סטנדרטי עבור נערות שמתעמלות.
בשנות ה-90, היוגה הייתה אחת מצורות הפעילות הגופניות הפופולריות ביותר. בשנות ה-90 יוצרו ושוחררו לשוק מכנסי היוגה המעשיים באמת הראשונים עשויים ניילון ולייקרה. מכנסי יוגה אלו מתאימים כמו עור שני, מנדפים לחות ומאפשרים תרגילי מתיחה, ובכך הופכים למכנסיים הבלעדיים ליוגה.
